10月5日，我校醫(yī)學(xué)院基因組學(xué)研究所Philipp Kapranov教授團(tuán)隊(duì)發(fā)布了核苷酸精度的可應(yīng)用于多種哺乳動(dòng)物組織細(xì)胞類(lèi)型的AP位點(diǎn)檢測(cè)新方法SSiNGLe-AP，在行業(yè)內(nèi)首次以堿基分辨率揭示哺乳動(dòng)物DNA中全基因組AP位點(diǎn)分布模式。該研究在Nature Communications在線(xiàn)發(fā)表，文章題為“Complex genomic patterns of abasic sites in mammalian DNA revealed by a high-resolution SSiNGLe-AP method”。

圖1.單核苷酸精度AP位點(diǎn)檢測(cè)方法SSiNGLe-AP

據(jù)了解，該研究是課題組在先前研究發(fā)表的世界上首個(gè)單核苷酸分辨率的SSB（DNA單鏈斷裂）檢測(cè)技術(shù)——SSiNGLe（Cao et al,Nature Communications,2019，期刊亮點(diǎn)研究）的基礎(chǔ)上，進(jìn)一步拓展開(kāi)發(fā)的適用于A(yíng)P位點(diǎn)檢測(cè)的研究方法——SSiNGLe-AP（圖1），并獨(dú)創(chuàng)性地開(kāi)展了一系列研究。該研究拓展了高精度的DNA損傷檢測(cè)方法，極大地豐富了DNA損傷資源庫(kù)，同時(shí)為后續(xù)的DNA損傷作用機(jī)制、衰老以及癌癥研究提供了新思路。

圖2.小鼠基因組中AP熱點(diǎn)的特性。a樣品水平AP熱點(diǎn)以及樣品共享AP熱點(diǎn)的指示圖。b樣品水平AP熱點(diǎn)的存在。c樣品水平AP熱點(diǎn)在不同組織中的比例。d樣品水平熱點(diǎn)在外顯子及不同基因組元件中的富集情況。e年齡及組織特異性樣品水平AP熱點(diǎn)的存在。f樣品共享熱點(diǎn)在不同基因區(qū)域及基因組元件處的富集情況。

該研究發(fā)現(xiàn)：AP位點(diǎn)在基因組中非隨機(jī)分布，顯著富集于外顯子和調(diào)控區(qū)域；哺乳動(dòng)物基因組中存在著很多AP熱點(diǎn)，其在外顯子和調(diào)控區(qū)域的富集信號(hào)更強(qiáng)，并且進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)部分AP熱點(diǎn)很可能是由BER途徑產(chǎn)生；AP位點(diǎn)分布及其與年齡的相關(guān)性具有組織特異性；AP位點(diǎn)受基因表達(dá)水平的影響，傾向于富集在高表達(dá)基因區(qū)域。

該研究論文以我校醫(yī)學(xué)院博士生蔡燁為第一作者，博士生王芳、張雨菲等參與了研究工作，Philipp Kapranov教授為通訊作者，曹慧芬博士為共同通訊作者。該研究受到國(guó)家自然科學(xué)基金、福建省自然基金、廈門(mén)市科學(xué)基金委、華僑大學(xué)中青年項(xiàng)目等基金資助。

（編輯：劉沛）